Predicció bioinformàtica en la determinació d’epítops del virus de la síndrome reproductora i respiratòria porcina (vPRRS)

Investigadors del CReSA han descrit per primer cop (Vaccine) regions antigèniques del vPRRS reconegudes per cèl·lules T mitjançant l’aplicació d’eines bioinformàtiques i posterior anàlisi immunològic. Els resultats obtinguts contribueixen a millorar el coneixement de la resposta immune cel·lular enfront al virus.

El vPRRS suposa un dels majors desafiaments en el camp de la immunologia veterinària, ja que molts dels aspectes de la resposta immune que es desenvolupa enfront al virus són poc o gens coneguts. Fins el moment, nombrosos estudis han fet èmfasi en el paper dels anticossos neutralitzants i de la immunitat mediada per cèl·lules en la protecció. No obstant, existeix un coneixement molt limitat sobre la localització dels epítops de les cèl·lules T. El desenvolupament de noves i més eficaces vacunes passa per augmentar el coneixement sobre quina part del virus indueix una resposta immune protectora.

Aplicar la metodologia clàssica, és a dir sintetitzar i analitzar centenars de pèptids solapats al llarg de tot el genoma del vPRRS, suposa una tasca àrdua i costosa econòmicament, més quan es desconeix totalment la regió o regions on es podrien localitzar els epítops. Alternativament, realitzar una predicció d’aquesta localització utilitzant eines bioinformàtiques és extremadament econòmic, ens ajuda a realitzar a priori un primer garbelli, per tant, restringeix notablement el número de pèptids que hem de sintetitzar i examinar en el laboratori.

Per aquesta raó, investigadors del CReSA va seleccionar in silico com a possibles epítops un total de 14 pèptids a partir de les seqüències de les ORFs (open reading frame) 4, 5 i 7. Posteriorment, van ser sintetitzats i avaluats en el laboratori. Aquests pèptids van ser escollits per presentar una major puntuació en totes les eines bioinformàtiques aplicades, i per tant, per ser a priori els que tenien una major probabilitat de ser immunològicament rellevants. Amb l’objecte de detallar amb major precisió la localització dels epítops i augmentar l’especificitat de les proves, es van avaluar les respostes cel·lulars enfront a aquests pèptids (medició d’IFN-γ) en mostres procedents de porcs vacunats amb una vacuna comercial i també en porcs vacunats amb vacunes d’ADN de les ORFs 4, 5 i 7.

Els resultats obtinguts es resumeixen a continuació:

  • La metodologia aplicada és útil, ja que 8 dels 14 pèptids finalment sintetitzats van ser reconeguts en l’assaig immunològic (57%). A més, es confirma la localització dels epítops de l’ORF 5 descrits prèviament per investigadors de la Universitat d’Illinois, els quals havien utilitzat unes soques i una metodologia diferents (Vashisht et al., 2008).
  • S’han localitzat nous epítops de cèl·lules T en el virus, tant en la proteïna N (ORF 7) com, en un menor grau, en la GP4 (ORF 4) i en la GP5 (ORF 5).
  • Utilitzant un ampli banc de dades de seqüències del virus, en la que es van incloure tant soques pertanyents als subtipus del genotipus I (europeu) com soques del genotipus II (americà), s’ha demostrat que alguns dels epítops descrits són comuns a totes les soques i que, per tant, s’hauran de considerar en la creació futura de vacunes de tercera generació.

Aquest treball ha estat publicat recentment com “Díaz I, Pujols J, Ganges L, Gimeno M, Darwich L, Domingo M, Mateu E. In silico prediction and ex vivo evaluation of potential T-cell epitopes in glycoproteins 4 and 5 and nucleocapsid protein of genotype-I (European) of porcine reproductive and respiratory syndrome virus. Vaccine. 2009 Sep 18;27(41):5603-11”.

Es tracta del primer article que aplica la combinació d’eines bioinformàtiques i d’anàlisis immunològics en l’avaluació de la resposta immune mediada per cèl·lules en una espècie domèstica.

Per a contactar amb l’autor d’aquest article:

Iván Díaz Luque
Investigador
Unitat d’Immunologia (CReSA)
Correu electrònic: ivan.diaz@cresa.uab.cat
Telèfon: +34 93 581 10 46
Fax: +34 93 581 44 90
Edifici CReSA. Campus UAB
08193 Bellaterra (Barcelona) Spain

Per saber-ne més:


¡Recomana aquesta pàgina!: