DAG Expression: software per a l’anàlisi massiu de dades d’expressió gènica

El responsable informàtic del CReSA en col·laboració amb investigadors de la UAB-CRAG han desenvolupat un software lliure per a l’anàlisi massiu de dades d’expressió gènica generades mitjançant PCR quantitativa a temps real (qPCR).

La qPCR segueix essent la tècnica de referencia per als estudis de quantificació de l’expressió gènica degut a la gran sensibilitat i especificitat de la PCR. Aquesta genera dades de gran qualitat sense la necessitat de validacions posteriors.

Els avanços tecnològics recents en el camp de la qPCR han permès l’estudi massiu de l’expressió gènica sense limitació en el nombre de mostres i reactius. No obstant, en l’actualitat no existeixen aplicacions lliures fàcils d’utilitzar per l’anàlisi d’aquestes dades.

L’aplicació Data Analysis Gene (DAG) Expression s’ha desenvolupat amb l’objectiu d’analitzar de forma massiva dades d’expressió gènica utilitzant el mètode de quantificació relativa mitjançant corbes estàndard i l’ús d’un o més gens endògens per normalitzar les dades.

DAG Expression s’ha desenvolupat en Visual Basic.Net i és compatible amb la majoria de sistemes operatius de Microsoft (Microsoft Windows 7 o XP). Amb l’objectiu de familiaritzar-se amb el programa, hem inclòs un manual detallat i un conjunt de dades d’exemple consistent en un experiment de qPCR utilitzant el microfluidic dynamic array™ IFC (48.48) de Fluidigm que conté 48 gens (44 gens diana i 4 gens endògens) i 48 mostres.

Aquest article ha sigut publicat recentment en: Ballester M, Cordón R, Folch JM. DAG Expression: High-Throughput Gene Expression Analysis of Real-Time PCR Data Using Standard Curves for Relative Quantification. PLoS One. 2013 Nov 18;8(11):e80385.

Descarregui’s l’article complet en:  http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24260380

Més sobre l’aplicació DAG Expression: www.dagexpression.com

Per a més informació, contactar amb:

Rubén Cordón Morales
Responsable informàtic del CReSA
Correu electrònic: ruben.cordon@cresa.uab.cat
Tel.: +34 93 581 45 57
Fax: +34 93 581 44 90
Edifici CReSA. Campus de la UAB
08193 Bellaterra (Cerdanyola del Vallès, Barcelona) Spain

Dra.  Maria Ballester Devis
Investigadora del CRAG
Correu electrònic: maria.ballester@cragenomica.es
Tel.: +34 93 563 6600 ext 3349
Edifici CRAG. Campus UAB
08193 Bellaterra (Cerdanyola del Vallès, Barcelona) Spain

¡Recomana aquesta pàgina!: