El món (microbià) amagat en la femta
La investigadora Flor Correa parla sobre la importància de la microbiota intestinal.
La femta és cada vegada més important que mai. Durant la darrera dècada, molts científics de tot el món s’han interessat en analitzar la femta de diferents animals, incloent la dels humans. Els micro habitants de les excrecions fecals representen les poblacions que viuen a l’intestí i aquesta població, la microbiota, ha demostrat ser essencial per a molts processos fisiològics com la digestió, el creixement i les respostes immunitàries. No obstant això, se sap que aquesta microbiota està alterada en diverses condicions patològiques. O potser és al contrari, que un cop es modifica la microbiota poden aparèixer diverses condicions patològiques. De totes maneres, estudiar els bacteris que viuen en simbiosi a l’intestí dels animals s’ha convertit en un element fonamental per a comprendre moltes malalties. De fet, el microbioma és tan important que ara alguns científics s’hi refereixen com un òrgan humà o animal.
Facoquer comú (Phacochoerus). Foto: Biopedia
Al laboratori, vam decidir estudiar la composició de la microbiota fecal de porcs de granja i de senglars. El fet és que la composició de la microbiota intestinal o fecal depèn de molts factors: la predisposició la genètica, l’edat, la nutrició, l’ambient, l’estrès i l’ús dels antibiòtics, entre d’altres. Llavors, la hipòtesi de trobar diferents tàxons bacterians en la seva femta era bastant òbvia. Per fer-ho encara més interessant, vam comparar la composició d’aquestes dues espècies animals que viuen en dos ambients diferents: salvatges i domesticats. Vam recollir molts excrements i ben contents de tenir-los! Amb l’ajuda dels nostres companys de França i Kenya vam recollir mostres fecals de porcs de granges europees i de granges africanes, juntament amb mostres fecals de senglars salvatges (facoquers) de Kenya i del Zoo de Barcelona. A més, vam tenir l’oportunitat d’obtenir mostres d’una granja lliure de patògens específics (SPF, de l’anglès specific pathogen free) de França. Aquests porcs SPF van ser criats en condicions controlades i exposats a un nombre limitat de bacteris des del naixement. Aquesta era una gran col·lecció per començar.
Totes les mostres fecals van ser sotmeses a extracció d’ADN i seqüenciació del gen 16S rRNA, obtenint més de 8 milions de lectures per analitzar. Els porcs SPF van ser els que tenien la diversitat en la microbiota fecal més baixa, però no era sorprenent ja que aquests animals eren criats en condicions particulars lliures de diversos bacteris. En el cas dels facoquers en captivitat, el nombre de tàxons diferents de la microbiota va ser similar al de la microbiota dels porcs SPF, cosa que demostra la importància del medi ambient en què es crien els animals. I és que els animals africans van mostrar la major diversitat! Quan es va comparar la composició bacteriana total a través de distàncies genètiques entre seqüències 16S (beta diversitat), vam descobrir que els porcs tenen una composició de microbiota similar independentment de si provenien d’un pati africà o d’una granja europea. Els porcs SPF tenien una composició molt diferent i els facoquers africans van mostrar la microbiota més heterogènia de tots els porcs analitzats.
Esq: riquesa (índex Chao1); dreta: diversitat (índex Shannon).
Aquests estudis podrien ser útils per comprendre, almenys parcialment, la resistència observada en els facoquers a diverses infeccions microbianes, fins i tot contra una malaltia mortal que amenaça a tota la indústria porcina en l’actualitat: la pesta porcina africana (PPA). Per contra, els porcs domèstics són susceptibles a aquesta malaltia viral, mentre que els porcs SPF són els més susceptibles entre aquests grups en estudi. Llavors, en comparar la composició de microbiota dels animals susceptibles contra els resistents, vam poder trobar diversos bacteris que podrien estar involucrats en aquesta resistència. Són 6 membres de diferents tàxons presents exclusivament en animals resistents: bacteris de la família Moraxellaceae, ordre Pseudomonadales i gèneres Paludibacter, Anaeroplasma, Petrimonas i Moraxella.
Amb tota aquesta informació estem plantejant continucar els nostres estudis per caracteritzar millor els bacteris presents als facoquers i intentar entender el seu possible paper en la resistència enfront a algunes malalties. Work in progress…
Per a més informació: article complet publicat a Scientific Reports.
